A Mútua é administrada por uma Diretoria Executiva composta por cinco membros, sendo três indicados pelo Plenário do Conselho Federal de Engenharia e Agronomia (Confea) e dois pelos Conselhos Regionais de Engenharia e Agronomia (Creas). Todos devem ser associados contribuintes da Mútua. O mandato é de três anos, podendo haver uma recondução.

Diretor Presidente

Engenheiro Civil

Joel Krüger

Diretor de Benefícios

Engenheiro Eletricista

Evânio Nicoleit

Diretor Financeiro

Engenheiro Civil

Edson Kuwahara

Diretor Administrativo

Engenheiro Florestal

Carlos Xavier

Diretor de Tecnologia

Engenheiro Civil

Emanuel Mota